A Universidade do Planalto Catarinense (Uniplac) está entre as melhores do País, conforme o Índice Geral de Cursos das Instituições (IGC), do Ministério da Educação, que mede a qualidade dos cursos e da instituição construída com base numa média das notas dos cursos de graduação e pós-graduação. Nos últimos três anos, a Uniplac foi avaliada em 24 cursos, tendo na escala de 1 a 5, atingido nota igual a 3 ou superior. Conforme o interventor Walter Manfroi isso demonstra que apesar dos problemas internos a Universidade mantém satisfatoriamente a proposta de ensino alicerçada na qualidade de seus cursos.
Os dados atualizados e apresentados pelo Ministério da Educação levam em conta os índices gerais referentes a todas as universidades, centros universitários e faculdades do país. Para graduação, o cálculo do IGC considera a média dos Conceitos Preliminares de Cursos da Instituição, tendo como base o desempenho dos estudantes no Exame Nacional de Desempenho dos Estudantes (Enade); o quanto o curso agrega de conhecimento ao aluno, além de indicadores de corpo docente, infra-estrutura e organização didático-pedagógica. E, em valores contínuos o IGC também expressa o ranking de 0 a 500. A Uniplac encontra-se com 228 pontos, à frente de outras importantes universidade e faculdades de Santa Catarina, como a Universidade do Extremo Sul Catarinense (Unesc), Centro Universitário de Jaraguá do Sul (Unerj) e Universidade do Contestado (Unc). As instituições com notas 1 e 2 não podem abrir campi, novos cursos ou ampliar vagas até melhorar a qualidade do ensino.